系統論認為，整體性、關聯性、等級結構性、動態平衡性、時序性等是所有系統的共同的基本特征。這些，既是系統所具有的基本思想觀點，而且它也是系統方法的基本原則，表現了系統論不僅是反映客觀規律的科學理論，具有科學方法論的含義，這正是系統論這門科學的特點。
系統論在奇門遁甲中的運用就是事物在時間、空間和數理中的運行規律，更是奇門六十四個用神整體代表意義在預測中靈活的運轉，而最為關鍵的是以六十四個用神為世間萬物的代表，賦予各自的性質，運用時空數理的分析方法進行預測，簡單說奇門遁甲就是符號系統論。
奇門是古人智慧的結晶，而系統論是是研究系統的一般模式、結構和規律的學問，它研究各種系統的共同特征，用數學方法定量地描述其功能，尋求并確立適用于一切系統的原理、原則和數學模型，是具有邏輯和數學性質的一門科學。當深入研究后發現，系統論在奇門中已經深入運用，并且展現的淋漓盡致。
奇門遁甲傳說產生于黃帝時代，它是一個時空數理模型，仔細研究一下它的構成，不難看出它就是一個系統論的模型，奇門遁甲模型把一個物體或事物分為九宮，看成是一個整體或全局，九個宮每一個宮又可為單元或局部，而每一個宮內的符號又為元素或因子。按照事物的規律“一事物與他事物有著必然的內在聯系”，奇門遁甲中每一個符號可能都發揮著作用，只是我們還沒認識到罷了。前幾年，有人就說奇門遁甲“單盤占”，其實單盤占只是奇門研究的初級階段。
比如：房地產開發要了解的因素很多，像開發此地塊盈利嗎?手續能辦下來嗎?上級什么態度?直接辦事人員什么態度?被開發土地的人員什么態度?開發商有資金嗎?要投入多少資金?盈利是多少?被開發的土地環境好不好?等等條件(可參看《周易與三十六計》一書中第七計無中生有計)。又比如：某人想進步，這要看此人日干與年命旺不旺?太歲生不生求測人的年命?此人干的工作好不好?能力強不強?是集權式管理者還是民主式管理者?適合不適合當領導?同事態度如何?群眾態度如何?時干與日干相生否?能否提拔?何時提拔?等等。
一定的時間必然反映一定的事物規律，但有人不這么看，我認為：要想知道梨子的味道，必須親口嘗一嘗。世界是浩瀚的，人類對世界的認識是渺小的，我們不能把人類還沒認識的事物看成是迷信的，這種認識是錯誤的。奇門遁甲存在了兩千多年，古代圣賢多有應用奇門而大成者，如諸葛亮、李靖、劉伯溫等等，他們雖為古人，但其遠見卓識遠非一般人能比，他們尚不認為這是錯誤的東西，當今很多人鮮有接觸，僅憑著想象斷定其為封建迷信，我認為是否有些不妥?我通過近20年的親身實踐還沒發現這個模型有哪點是迷信，倒是覺得與現代的系統論非常相似。有興趣者可以自己先研究研究，也許我判斷是錯誤的。
